Visi UPN "Veteran" Yogyakarta adalah menjadi universitas pioner pembangunan yang dilandasi jiwa Bela Negara di era global. Berdasarkan visi universitas, Fakultas Pertanian menetapkan visi, misi, juga tujuan pendidikan dan tujuan untuk menjadikan mahasiswa sebagai bagian dari komunitas yang lebih luas yang memiliki kemampuan akademik dalam mengembangkan, menerapkan, dan atau memperkaya teknologi, serta menyebarluaskan dan memanfaatkannya untuk peningkatan kesejahteraan masyarakat. 

Arah pengembangan Fakultas Pertanian dinyatakan dalam Rencana Strategis tahun 2012-2017 yang diperbarui pada RENSTRA UPN "Veteran" Yogyakarta  Tahun 2015 -2020. Sesuai dengan moto UPN  "Veteran" Yogyakarta;  WIDYA MWAT YASA, yang artinya belajar untuk membangun; Belajar untuk mengabdi pada negara dengan hati yang tulus dan ikhlas, kebijakan dan arah pengembangan Fakultas Pertanian merujuk pada paradigma baru yang berdasar pada tiga pilar; ekonomi, akuntabilitas, dan penjaminan mutu.

VISI

Menjadi fakultas yang unggul dan profesional di bidang pertanian berkelanjutan, dilandasi jiwa bela negara dan berwawasan global

Misi

• Menghasilkan lulusan yang berakhlak mulia, unggul, profesional, berdaya saing dan berwawasan global dilandasi jiwa bela negara.
• Meningkatkan dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi melalui penelitian.
• Memanfaatkan IPTEKS di bidang pertanian untuk berperan serta dalam mewujudkan kesejahteraan masyarakat.

Tujuan Pendidikan

• Meningkatkan kualitas lulusan yang mampu berkompetisi di tingkat nasional, regional dan internasional.
• Meningkatkan kualitas pembelajaran yang berbasis sistem manajemen mutu.
• Meningkatkan kuantitas dan kualitas penelitian di bidang pertanian untuk mengembangkan proses pembelajaran dan pengabdian kepada  masyarakat.
• Menghasilkan IPTEKS berbasis problem solving dalam bidang pertanian
• Melaksanakan kegiatan pengabdian kepada masyarakat sebagai hasil pengembangan IPTEKS pertanian.