Fakultas Pertanian UPNVYK merupakan bagian dari UPNVYK  yang didirikan oleh para pejuang kemerdekaan RI dengan misi memberikan kontribusi kepada bangsa dan negara khususnya di bidang pertanian dengan semangat bela negara. Perjalanan UPNVYK telah mengalami dinamika yang unik, diawali pendirian PT dibawah pengelolaan Mentri Urusan Veteran,  Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi, dan Kementerian Pertahanan dan Keamanan kemudian berubah menjadi PT swasta dengan pengelolaan Kopertis V dan dengan perjuangan selanjutnya menjadi PT negeri dikelola oleh Kemendikbudristek. 

Saat FPUPNVYK telah tumbuh dan berkembang menjadi Fakultas Pertanian yang maju dan unggul dengan Program Studi S1 Agribisnis, Agroteknologi, dan Ilmu Tanah yang telah terakreditasi UNGGUL.  Dalam pengembangannya Fakultas Pertanian telah memiliki Program Pasca Sarjana, yaitu Program Studi Magister Agribisnis, Magister Ilmu Tanah, dan Magister Agroteknologi dalam proses pembukaan. Fakultas Pertanian merencanakan segera akan dibuka  program Pasca Sarjana S3 (Doktor) dengan Program Studi Ilmu-ilmu Pertanian.

FP UPNVYK akan selalu melakukan manajemen perubahan untuk menyesuaikan perkembangan sains dan teknologi di bidang pertanian untuk kemaslahan umat manusia.  Tekad ini sesuai dengan sesanti sesanti WIDYA MWAT YASA, yang mengandung makna bahwa menuntut ilmu untuk didarmabaktikan bagi pembangunan bangsa dan negara.

Selamat datang di Fakultas Pertanian UPN Veteran Yogyakarta. Semoga kita dapat mencapai sukses bersama.

Dr. Ir. Budi Widayanto, M.Si.